High Resolution Melt, hochauflösende Schmelzkurve

Anlagerung von einzelsträngigen Nukleinsäuren zur dsDNA oder DNA/RNA-Doppelstrang unter Berücksichtigung der Basenpaarungsregeln. In der PCR auf die Primer/Template-Bindung bezogen im Annealing-Schritt oder der Sonden-Bindung (Probe) an das PCR-Amplikon.
 
 

Hydrolysis-Sonde auch als Taqman-Sonde bezeichnet, zeigt nach Bindung an der Ziel-DNA-Sequenz durch Hydrolyse der Sonde mit Hilfe der Taq-Polymerase (bei 60 °C) eine Fluoreszenz-Emission.

Engl.: immunosuppressives, Medikamente, die die Antwort des Immunsystems unterdrücken oder zumindest vermindern.
 

Methode zur Simulation eines PCR mit zwei Primern in einer DNA-Datenbank, um die Amplikon-Sequenz vorherzusagen.

Insertions/Deletionspolymorphismus, ein biallelischer Polymorphismus mit einem Allel als eine Insertion einer DNA-Sequenz an einem Locus und mit dem zweiten Allel der Deletion eines Sequenzabschnitts an demselben Locus.

Zeit zwischen der Infektion (Eindringen des Erregers in den Körper) und dem Ausbruch einer Erkrankung.

Analysiert, ob eine Proben cDNA/RNA degradiert ist oder nicht. Dazu werden drei PCRs auf eine cDNA/mRNA-Zielsequenz  im Verhältnis zueinander quantifiziert. Bsp: bei einer degradierten Probe sollte das qPCR am 3'-Ende einen höheren Ct-Werte zeigen als eine mittige qPCR-Zielsequenz.

Interne positiv-Kontrolle, ein PCR-Template, das in dem PCR mitamplifiziert wird und positiv ist und damit die korrekte Funktion der Amplifikation belegt.

Interne positiv-Kontrolle, ein PCR-Template, das in dem PCR mitamplifiziert wird und positiv ist und damit die korrekte Funktion der Amplifikation belegt.
 

Unter Kalibrator versteht man in Gen-Expressionsstudien diejenige unbehandelte Probe, auf die sich die behandelten Proben beziehen.
 

Kolonienbildende Einheit, Maßeinheit in der Bakteriologie zur Angabe der Quantität von Bakterien in einer Probe. Sie wird pro Liter (KBE/l) oder Milliliter (KBE/ml) angegeben.
 

Duplex-PCR in dem bei gleichen Primern eine zugegebene Positiv-Kontrolle mit bekannter Konzentration im Wettbewerb (kompetitiv) mit dem Template der Probe amplifiziert wird.

kontagiös, engl.: contagious, ansteckend

Unverträglichkeit für Lactose des Menschen aufgrund einer Mutation im Enhancer des Lactase-Gens.

Bakteriophage Lambda dsDNA Phage aus E. coli mit ca. 49 kbp DNA. 

Lactase-Gen des Menschen siehe auch: LCT (OMIM)

In einem Linear -View wird in einem Amplifikations-Graph der Fluoreszenz-Wert (auf der Y-Achse, Amplifikation des PCR-Produktes) gegen die PCR-Cyclen (auf der X-Achse) in linearer Skala aufgetragen.

Locked Nucleic Acid, LNA, blockierte Nucleinsäuren, aufgrund der Flexibilität der Desoxyribose zu wechseln in Wannen und Sesselform wir die Basenbindung bei Hybridisierung des Primers an den Gegenstrang destabilisiert. Eine zusätzliche Bindung fixiert die Desoxyribose (locked) und erhöht den Schmelzpunkt deutlich (2-4°C).

LNA, Blockierte Nucleinsäuren, aufgrund der Flexibilität der Desoxyribose zu wechseln in Wannen und Sesselform wir die Basenbindung bei Hybridisierung des Primers an den Gegenstrang destabilisiert. Eine zusätzliche Bindung fixiert die Desoxyribose (locked) und erhöht den Schmelzpunkt deutlich (2-4°C).

LoD englisch, Limit of Detection, Nachweisgrenze einer Methode, Angabe der Kopienzahl mit einem Wahrscheinlichkeitswert für die Sicherheit der Aussage. Z. B. 5 Kopien Legionellen mit Sicherheit von 95%.

In einem Log-View wird in einem Amplifikations-Graph der Fluoreszenz-Wert (auf der Y-Achse, Amplifikation des PCR-Produktes) gegen die PCR-Cyclen (auf der X-Achse) in logarithmischer Skala aufgetragen. Dadurch kann die exponentielle Phase als Gerade besser sichtbar gemacht werden, um einen Threshold besser manuell zu setzen.
 

Limit of Quantification, Grenze der Quantifizierung, Kleinste messbare Menge Angabe der Zuverlässigkeit.

Lux steht für Light upon extension und bezeichnet Fluoreszenz-markierte Primer, die im ungebundenen Zustand so gefaltet sind, dass das 3'-Ende mit dem reverse komplementären 5'-Ende hybridisierte. Dadurch wird das Fluoreszenz-Signal reduziert (ge-quenched) und erst im verlängerten (light UponExtension) Zustand kann das Fluorohor sein Licht emittieren. Der 3'-Teil des Primer ist spezifisch, wohingegen ca.: 5 bis 7 Nucleotide des 5'-Endes eine reverse-komplementäre Sequenzwiederholung der 3'-Sequenz ist.

Magnesium als zweiwertiges Kation in biochemischen Reaktionen als Cofaktor notwendig. In der Biochemie für DNAsen und für Polymerasen und im PCR insbesondere noch für die Stabilität der Primer-Bindung notwendig.
 

Gesamtheit der Komponenten für die Durchführung einer PCR, aber ohne Template und Primer. Meist vom Hersteller gelieferte 2-fach oder 5-fach konzentrierte Reagenzien. Die Zusammentellung von Mastermix und Primer für mehre Proben können als Pool bezeichnet werden. Z. B.: Solis BioDyne | SolisFAST® Master Mix | Solis BioDyne.

Minor groove binders (MGBs): sind dsDNA-bindende Moleküle, die am 3'-Ende einer Taqman Sonde für eine deutlich stabilere Sonden-Hybridisierung sorgen. Dadurch können kürzere Oligonucleotide (<18 nt) bei höherer Temperatur (>60 °C) mit höherer Spezifität und Sensitivität als Sonden genutzt werde.

DNA-Microarrays oder DNA-Chips oder Genchips enthalten aufgebrachte Zielsequenzen wie cDNA, Oligos mit unterschiedlichen SNPs oder andere DNA-Fragmente. Durch Hybridisierung von Proben-DNA/RNA kann die Kopienzahl in der Probe quantifiziert werden.

Macrophage infectivity potentiator, Oberflächen Protein von Legionellen.
Literatur:
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES, Vol. 89 | No. 11 June 1, 1992
PubMed: 1594630

Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments, Leitfaden, der die notwendigen Angaben zur Dokumentation eines real-time PCR-Experimentes beschreibt.