In relativen Genexpressionsstudien werden endogene, in der Probe selbst enthaltene Zielsequenzen für die Normalisierung der RNA/cDNA-Kopienzahl genutzt. Es müssen also nicht Gene, sogenannte house keeping gene (HKG) sein, Alu-Elemente zum Beispiel tun es auch. Die Zielsequenzen müssen konstant und stabil sind bzgl. deren Expression in allen Zelltypen und Entwicklungszuständen unabhängig von der Behandlung der Proben.

Endpunkt Analyse, bezeichnet die Analyse eines PCR-Produkte am Ende der PCR-Cyclen im Gegensatz zur real-time PCR, die bereits während des Laufs Daten über den Anstieg der Amplikon-Menge anzeigt.
 

DNA-Sequenz meist einige Kbp vor dem eigentlichen Gen, das Bindestellen für Transcriptionsfaktoren enthält und so die Transcription des nachfolgenden Gens verstärken kann. 

Das gehäufte Auftreten einer Infektionskrankheit in einem begrenzten Gebiet und Zeitraum.

Eine Wissenschaft, die sich mit der Entstehung, Verbreitung und Bekämpfung, sowie den sozialen Folgen von Epidemien, zeittypischen Massenerkrankungen und Zivilisationsschäden befasst.
 

Ein grün fluoreszierender Farbstoff, der durch seine Bindestärke an Doppelstrang-DNA zum Nachweis von PCR-Produkt in der real-time PCR mit Schmelzkurven-Analyse genutzt wird.
 

Eine Kontrolle (Zielsequenz), die in das PCR (von aussen, exo-gen) z. B. in den Mastermix hinzugefügt wird.

Wird ermöglicht durch die Nutzung zweier Primer und der PCR-Kopien aus den früheren Zyklen die als Vorlage genutzt werden können. Damit ergibt sich die Menge PCR-Produkt als  2Exp35 bei der Template Molekülzahl 1 und 35 PCR-Zyklen.

Quantifiziert die RNA/cDNA-Menge eines oder mehrerer Gene in einer Probe im Verhältnis zueinander oder zu einer internen Referenz bestimmen (relative Quantifizierung) Bsp.: relativer Anstieg von HSP70 einer Hitzeschock behandelten Probe zu einer unbehandelten Probe.

Extension Step englisch, "Ausweitungs"-Schritt, Elongation, bezeichnet den dritten Schritt eines PCRs in dem der Primer komplementär zum Template verlängert wird, also der eigentliche Kopierschritt. 

fakultativ pathogen, anaerob etc. engl.: facultative, es ist möglich, daß... pathogen, beschreibt, dass unter bestimmten Bedingungen ein Bakterium diese oder jene Eigenschaft aufweisen kann. So sind Legionellen für gesunde Menschen nicht pathogen, bei geschwächten Personen können Sie aber durchaus pathogen sein.
 

Fast (schnell) spezielle Reagenzien, die eine schnelle Amplifikation ermöglichen.

In der real-Time PCR ist der Fluoreszenswert der auf der Y-Achse gegen die X-Achse aufgetragene Messwert der Fluoreszenz die entsteht, wenn ein Fluoreszenzfarbstoff an dsDNA (PCR-Produkt) bindet.
 

Fluoreszenz-tragendes Molekül.
 

Bezeichnet einen der beiden PCR-Primer, "Forward" (Abk. Präfix "F" oder Suffix "f") bezieht sich auf die Position im Gen, heute aber allgemein als der erste Primer (der zweite Primer), der linke Primer (rechter Primer) oder auch 5'-Primer (3'-Primer). Siehe auch Reverse-Primer. Z. B. 517f: 5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA und 907r: 5' CCGTCAATTCCTTTGAGTTT. (Quelle: 16S/18S/ITS Amplicon Metagenomic Sequencing - Novogene)   

Steht für das Glycerinaldehyd-3-Phosphat-Dehydrogenase Gen: Früher häufig genutzt, um bei Northern-Blots (Hybridisierung DNA gegen RNA) den mengenmäßig gleichen Auftrag der mRNA in den einzelnen Spuren sichtbar zu machen. Bsp.: Gleiche Bandenintensität in der Hybridisierung gegen GAPDH bedeutet gleiche RNA-Menge in dem Gel.

Steht für genomische DNA und meint die Gesamtheit der DNA einer Zelle, im Gegensatz zu cDNA, was nur die umgeschriebene mRNA bezeichnet.

Auftrennung einer Mischung von DNA, RNA oder Protein-Molekülen aufgrund unterschiedlicher Mobilität in einer Agarose oder Polyacrylamid Matrix.

Start der reversen Transcription mit einem für das Gen oder den RNA-Virus spezifischen Oligo-Sequenz.

Bezeichnet in einer Expressionsstudie dasjenige Gen für das man sich interessiert, dessen Expression gemessen werden soll, im Vergleich zu einer endogenen Referenz (manchmal als Housekeping-Gen bezeichnet. Bsp.: In unserem Fall ist HSP70 das GOI und TBP die endogene Referenz.

Diejenige Menge genomischer DNA, die einem Genom des entsprchenden Organismus entspricht. Meist als Einheit für eine Standard-Kurve benutzt, wenn eine Probe quantifiziert werden soll.
 

genomische DNA (Abk. gDNA) ist die Gesamtheit der DNA einer Zelle. Meist ist jedoch nur die DNA im Zellkern gemeint, um sie zu unterscheiden von der mitochondrialen DNA oder cpDNA der Chloroplasten oder Plastiden DNA der Pflanzen. Nicht zu verwechseln mit Plasmid-DNA, ringförmige DNA-Moleküle, die manchmal als positiv Kontrollen eingesetzt werden. 

Bestimmung des Allels bzw. der Allel-Kombination, bei diploiden Organismen, eines Gens in einem Organismus.

gram-negativ beschreibt das Aussehen der Bakterienzellen unter dem Mikroskop nach der Färbung nach Gram. Gram-negativ sind solche Zellen, die im letzten Färbeschritt die Färbung durch Waschung mit Ethanol fast wieder gänzlich verlieren und deren Zellwand daher nur schwach angefärbt ist. Die Gram-Färbung ist eines der wichtigsten Unterscheidungsmerkmalen der Systematik von Bakterien. "Die Gramfärbung, 1884 von dem dänischen Pathologen und Bakteriologen H. C. J. Gram durch Zufall entdeckt, ist die wichtigste Differentialfärbung in der Bakteriendiagnostik und von grundlegender Bedeutung für die bakterielle Klassifikation. Sie ist gewöhnlich einer der ersten Tests bei der Identifizierung unbekannter Bakterienisolate. Die Gramfärbung ermöglicht die Aufteilung der (Eu)-Bakterien in zwei große Gruppen, die grampositiven und die gramnegativen Bakterien, die sich im Aufbau ihrer Zellwand - und in andren Eigenschaften, z. B. der Empfindlichkeit gegen Antibiotika - grundlegend unterscheiden. Verantwortlich für das Verhalten der Bakterien ist denn auch die physikalische Struktur ihrer Zellwand." (Bast, 1999)

Genome unit, diejenige Menge genomischer DNA, die einem Genom des entsprchenden Organismus entspricht. Meist als Einheit für eine Standard-Kurve benutzt, wenn eine Probe quantifiziert werden soll.
 

Eine klassische und häufig genutzte Zelllinie, abgeleitet aus einem Tumor von Henrietta Lachs.  

High Resolution Melt (HRM) oder hochauflösende Schmelzkurven-Analyse bezeichnet eine real-time PCR-Analyse Methode, bei der das Amplikon in sehr kleinen Temperatur-Schritten (< 0,2 °C) aufgeschmolzen wird und die Fluoreszenz-Abnahme des freigesetzten Fluorophores (meist Eva-Green(TM) oder ähnliche Farbstoffe) mit hoher Genauigkeit auf aufgezeichnet werden kann. Die Rohdaten des Fluoreszenz-Temperatur-Graphen werden mit spezieller Software (der eigentliche Clou an der Analyse) so ausgewertet, dass Schwankungen der Anfangsfluoreszenz und Endfluoreszenz der Vergleichsproben normalisert werden, dadurch können bis auf  SNP-Niveau Unterschiede zwischen Amplikonen detektiert werden. 
 

Gene, die eine Reihe von Proteinen kodieren, die an der Reparatur von Proteinen beteiligt sind und bei höheren Temperaturen eine deutlich angestiegene Expression zeigen. Bsp.: HSP70, HSP27

House Keeping Genes

House Keeping Genes, HKG, bezeichnen Gene, deren Expression in allen Zelltypen und Entwicklungszuständen unabhängig von der Behandlung der Proben konstant sind. HKG werden oft zur Normalisierung des RNA/cDNA-Gehalts von Proben in relativen Genexpressionsstudien mittels qPCR genutzt.