Die Gesamtheit von organischen Substanzen und Mikroorganismen, die sich auf feuchten Flächen bilden und dort einen haftenden Belag erzeugen. Er ist eine ökologische Nische für Legionellen, die aus dem Biofilm Nahrung und Schutz beziehen.


 

Bestehen aus einer Schleimschicht in der sich (Mikro-)Organismen ansiedeln können und Oberflächen von wässrigen Systemen, Leitungen, Wände von Kühltürmen, selbst Implantate bedecken können. 

Black hole Quencher (BHQ), sind dark quencher, wenn man den größeren, breitere Wellenlängenbereich bezeichnen möchte werden sie als BHQ benannt.

BLAST, Abkürzung für englisch Basic Local Alignment Search Tooll, bezeichnet einen Algorithmus mit dem man eine Sequenz mit den Sequenzen einer Sequenz-Datenbank vergleichen kann. Der Vergleich wird in Form eines Alignments gezeigt. 
 

Cycle Threshold am 0-Wert, bezeichnte den Cyclus in einer real-time PCR bei dem der Fluoreszenzwert (proportional zur PCR-Produkt-Menge) eine Intensitätsschwelle (Threshold) überschreitet. In diesem Fall den 0-Wert der Fluoreszenz also die Basislinie. Er wird genutzt um die Template-Menge zu quantifizieren. 
 
 

cDNA "copy" DNA der RNA in DNA besser Umschreibung von RNA in DNA.

Einzellige Organismen aus der Gruppe der Protozoen, die Cilien, kurze nur wenige Mikrometer lange Härchen besitzen womit sie sich sehr flink fortbewegen können.
 

Quantifizierungs Cycle bezeichnte den Cyclus in einer real-time PCR bei dem der Fluoreszenzwert (proportional zur PCR-Produkt-Menge) eine Intensitätsschwelle (Threshold) überschreitet und der genutzt wird für die Quantifizierung der Template-Menge. Um dies zu markieren wird der Ct-Wert meist auch als Cq bezeichnet.

Cycle Threshold bezeichnet den Cyclus in einer real-time PCR bei dem der Fluoreszenzwert (proportional der PCR-Produkt-Menge) eine Intensitätsschwelle (Threshold) überschreitet. Er wird genutzt, um die Template-Menge zu quantifizieren. 
 

Maschine, die die PCR erlaubt durch die Ausführung des Temperatur-Zeit-Profils als Programm (Labor-Jargon)

Das Gen für Cytochrom P450 P1B1 das eine Entgiftungsfunktion in unseren Zellen übernimmt. In dem RT-qPCR-Kurs hatten wir damals einen schönen Anstieg bei Rauchern erkennen können.

Dark Quencher, dunkle Quencher, die kein Fluoreszenzlicht abgeben. auch bezeichnet als Non-Fluoreszenz Quencher (NFQ) oder Black hole Quencher (BHQ), wenn man den größeren, breitere Wellenlängenbereich bezeichnen möchte.

dbSNP, steht für "Datenbank für SNPs" des Menschen und beinhaltet häufige und auch seltene SNPs (Single Nucleotide Polymorphismens) und SNVs Single Base Nucleotid Varianten, kleiner als 50 bp Deletionen und Insertions Polymorphismen und andere Varianten. 

Delta = Differenz von Ct-Werten, drückt deltaCt das Verhältnis der Template-Mengen aus.

Drückt das Verhältnis Gene of Interest zu endogener Referenz von Proben aus (erstes Delta CT), und diese Verhältnisse einer behandelten Probe wird ins Verhältnis gesetzt zu einer unbehandelten Probe (zweites DeltaCt).

PCR-Schritt mit hoher Temperatur, 90 °C bis 98 °C, bei der die dsDNA einzelsträngig (denaturiert) gemacht wird. Im Gegensatz zu Proteinen ist die DNA-Denaturierung reversible, Einzelstränge können bei niedrigen Temperaturen wieder zu Doppelsträngen renaturieren.

Mögliches Nebenprodukt einer PCR Reaktion bei der Primer einander amplifizieren und ein Produkt entstehen lassen.

Reverse Transkription und PCR ohne (direkt) Isolation der RNA.

Besteht aus einer Anzahl an PCR-Produkten, polymorpher Marker, die nach einer Gelelektrophorese ein Fingerprint-ähnliches Bandenmuster zeigen. Polymorph bedeutet ein Marker kann in einer Population unterschiedlich lange Allele zeigen. daraus ergibt sich die Möglichkeit Individuen zu identifizieren. 

DNA-Helicasen sind Enzyme der DNA-Replikation, Genregulation und Reparatur, die die Spiralisierung der dsDNA unter ATP-Verbrauch öffnen können.
 

dNTPs: Abkürzung für Desoxynucleosidtriphosphate: Sammelbegriff für die im PCR benutzten vier Nucleotide dATP-Desoxyadenosintriphosphat, dGTP Desoxyguanosintriphosphat, dTTP Desoxythymidintriphosphat, dCTP Desoxycytosintriphosphat. 
 

Im FRET-Sondensystem ist damit die erste Sonde gemeint, dessen 3'-Fluorophor das Anregungslicht des real-time Cyclers aufnimmt und sein Emissionslicht auf das 5'-Fluorophor der Akzeptor-Sonde überträgt.
 
 

Dark Quencher

Farbstoff (englisch), in der real-time PCR sind die Fluoreszenzfarbstoffe der Sonden oder der dsDNA-bindenden Farbstoffe gemeint.

Auswahl der Fluoreszenz-Farbstoffe bei der Planung oder dem Set up des real-Time PCR-Gerätes. Farbstoff (Dye). Quencher und Detektionskanal müssen zueinander passen.

Abgekürzt mit E, meist in Prozent angegebene Kennzahl, wie gut eine PCR amplifiziert, 100 % bedeutet eine vollständige Verdopplung pro Zyklus.

Werden zwei unterschiedliche PCR-Assays (mit unterschiedlichen Effizienzen) gemessen, müssen für eine vergleichende Quantifizierung die Effizienzen mit in den Vergleich einbezogen werden.

EIA, Abkz.: Enzyme Immuno Assay, immunologische-biochemische Bestimmung von Biomolekülen. Hochsensitives Verfahren bei dem der erkennenden Antikörper durch eine enzymatische Farbreaktion sichtbar gemacht wird, alternative Radio Immuno Assay, der erkennende Antikörper wird über Radioaktivität sichtbar gemacht.

Elongation oder Extension Step englisch, "Ausweitungs"-Schritt, bezeichnet den dritten Schritt eines PCRs in dem der Primer komplementär zum Template verlängert wird, also der eigentliche Kopierschritt. 

Eine Kontrolle (Zielsequenz), die in der Probe selbst enthalten ist, also nicht von aussen zugegeben werden muss.