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Schmelzkurve (Auswertung)
Schmelzkurve SYBR-Green Assay (1. Ableitung). Aufgetragen ist die Steigung, Änderung der Fluoreszenz je Temperatur-Erhöhung (-dF/dT) der Rohdaten-Kurve gegen die Temperatur....
27 Nov., 2019
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Effizienz-Bestimmung mittels Standard-Kurve
Effizienz-Berechnung über eine Standard-Kurve. Der rechte Teil der Abbildung zeigt eine Kurven-Schar der real-time Amplifikation (SYBR-Green) aus einer Verdünnungsreihe mit PCR-Produkt heraus. In...
27 Dez., 2019
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Sequenzier-Gel sparen ....
Lineares Polyacrylamid für die Kapillar-Gelelekrophorese ist einer der teuersten Komponenten beim Sequenzieren. Schön wäre es doch, wenn man die Gelreste, die die Maschine nicht mehr nutzen kann...
7 Feb., 2020
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real-Time PCR-verlauf: Fluoreszenz gegen Cyclus-Graph
Der Graph Fluoreszenz gegen PCR-Cyclus zeigt den Anstieg der Fluoreszenz über die Zeit (Cyclus). Auf der Y-Achse sind die Fluoreszenz-Messwerte aufgetragen, die ein Maß für die...
28 Nov., 2019
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DNA-Präparation aus Spurenträgern
Als wir noch Spurenanalysen machten ... hatten wir oftmals sehr dreckige Spurenträger mit allerhand Dreck und Staubpartikel. Um die Probe dennoch sauber zu bekommen, haben wir zunächst lysiert,...
7 Feb., 2020
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Primer-Design ohne SNPs unter Primern
Bei den Primer3Plus Einstellungen (Advanced Setting) gibt es die Möglichkeit, dass das Programm Ns ignorieren, oder akzeptieren soll. Damit können sie ausschließen, dass Primer über SNPs...
7 Feb., 2020
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Chloroform tropft beim pipettieren
Bekanntlich tropft es beim Pipettieren von Chloroform und anderen Flüssigkeiten mit .... ja richtig einem hohen Dampfdruck. Die Lösung ist, pipettieren Sie 4 bis 5 mal in der Chloroformlösung auf...
7 Feb., 2020
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"Als man noch mit dem Mund pipettiert hat"
Mein Doktorvater hatte Restriktionsenzyme immer mit einer Glaskapillare und einem kleinen Gummischläuchchen pipettiert, so konnte er auch geringe Volumina genau pipettieren, besonders wenn die...
7 Feb., 2020
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Schmelzkurve Auswertung (Sexing)
Abbildung: Genotypisierung mittels Schmelzkurve. Gezeigt ist die Schmelzkurven-Analyse mit Genoytypisierung auf einem MIC mit der Kurve für den ZZ-Genotyp (männliches Tier rote Kurve) und dem...
13 Jan., 2020
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Vergleich Schmelzkurve - HRM - PAAGE
Genotypisierung von drei Proben am MID3690 Marker. (A) Bei den Schmelzkurven handelt es sich um die DNA-Proben 1-3 aus der rechten Abbildung. Probe 2 ist laut Gel homozygot mit...
3 Dez., 2019
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Schmelzkurve (Rohdaten)
Schmelzkurve SYBR-Green-Assay (Rohdaten). Der Graph zeigt die Fluoreszenz (Y-Achse) gegen die Temperatur-Erhöhung (X-Achse). Die grüne Kurve beginnt bei einem deutlich höheren...
27 Nov., 2019
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Ligationen in Glaskapillaren
Bei Ligationen (vor den Kit-Zeiten) hat man versucht die Konzentration der DNA zu erhöhen, indem man in einem sehr kleinen Volumen gearbeitet hat. Um zu verhindern, dass zuviel Flüssigkeit...
7 Feb., 2020
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Fluoreszenz Entstehung in der real-Time PCR
Die Abbildung zeigt den Energie-Transfer im Fluoreszenz-Prozess. Die Energie des Anregungslichts (kurzwellig) wird vom Fluorophor absorbiert, damit steigt sein Energiewert, die...
27 Nov., 2019
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Dimere und SYBR-Green & Eva-Green im real-time PCR Assay
Dimere entstehen durch Annealing von Primern an Primern und Amplifikation zu einem Primer-Dimer. Die Stabilität der Primer-Primer-Bindung hängt von der Temperatur (Annealing), Basenzusammensetzung...
7 Feb., 2020
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Stotterbanden
Polyacrylamid-Gelelektrophorese mit STR-Markern des X-Chromosomes des Menschen. Mit blauen Pfeilen sind die Stotterbanden markiert, die typisch sind für STR-Marker. An manchen Stellen...
2 Dez., 2019
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DNA-Sequenzvergleich mit TraceEditPro
Vergleich zweier DNA-Sequenzen mit Trace EditPro. Zentral sind die Peaks der DNA Sequenzierung zu sehen, darüber sieht man eine Konsensus-Sequenz gebildet aus den beiden DNA-Sequenzierungen,...
16 Dez., 2019
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Gradienten-PCR
Gradienten-PCR zur Optimierung der Annealing-Temperatur. Für Demonstrationen nutzen wir einen 20°C-Bereich, aber wenn viele Primer getestet werden sollen, genügen uns die berechnete...
13 Dez., 2019
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Standard-Kurve
Die Abbildung zeigt den Kurvenverlauf, Fluoresezenz gegen PCR-Cyclus einer 1:10 Verdünnugsreihe, unten zeigt der Graph die Ct-Werte aufgetragen gegen den Logarithmus der...
27 Nov., 2019
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Chromas lite
Chromas 2.6.6: https://technelysium.com.au/wp/chromas/ Kleines kostenloses Programm zum Anschauen von DNA-Sequenz Chromatogrammen und Editieren von .ab1, SCF ZTR Formaten. Kein Alignment...
13 Dez., 2019
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Fluoreszenz und Quencher
Die Abbildung zeigt den Energie-Transfer im Fluoreszenz-Prozess. Die Energie des Anregungslichts (kurzwellig) wird vom Fluorophor absorbiert, damit steigt sein Energiewert, die...
27 Nov., 2019
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Schmelzkurve einer SYBR-Green Triplex-PCR.
Multiplexen mit SYBR-Green/Eva-Green. Bei ausreichend getrennten Schmelzpeaks ist ein Triplex möglich.
1 Dez., 2019
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Tailed Primer
Die Abbildung zeigt sehr schön, welchen Effekt eine Verlängerung des Primers mit einer Reihe von GC-Nucleotiden hat. Der Schmelzpunkt verschiebt sich zwar deutlich, aber von den...
29 Nov., 2019
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PCR Simulation mit Excel
Hier können Sie schön die unglaubliche Amplifikationsstärke der exponentiellen Vermehrung in der PCR beobachten. Spielen Sie etwas mit der Effizienz (E)herum zum Beispiel wieviele...
29 Nov., 2019
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Schmelzkurve
Schmelzkurven von Serpula lacrymans in blau, und Serpula himantioides, rot, zeigen einen kleinen Unterschied zwischen beiden Arten. Die Sequenz des ITS1-ITS2-Amplikons unterscheidet sich in nur...
28 Dez., 2019
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MLPA - Coffalyser-Auswertung
Mittels Coffalyser könne die unterschiedlichen Peakhöhen in einer MLPA gegeneinandner normalisiert werden. Interne Referenz-Peaks und Peaks der Referenzsamples. Die Normalisierung der...
2 Dez., 2019
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