Dimere und SYBR-Green & Eva-Green im real-time PCR Assay

Dimere entstehen durch Annealing von Primern an Primern und Amplifikation zu einem Primer-Dimer. Die Stabilität der Primer-Primer-Bindung hängt von der Temperatur (Annealing), Basenzusammensetzung und der Additive im PCR ab. DMSO als Additiv senkt die Annealing-Temperatur und DMSO ist auch das Lösemittel mit dem SYBR-Green stabilisiert wird. Das kann der Grund sein, warum SYBR-Green manchmal eine geringere Affinität hat Dimere zu bilden als andere Mastermixe.