Eine DNA-Präparation aus intakten Zellen (Blut/Zellkultur/Gewebe) führt meist zu langer gDNA (>150 kbp) das war perfekt für die alten Zeiten mit Southern-Blot und Hybridisierung, aber für PCR ist es besser gescherte Fragmente als Template einzusetzen, aber nicht zu klein bitte ;-). Scheren mit einer dünnen Kanüle, 10 bis 15 durchziehen ist schon hilfreich.