Wissensdatenbank - Glossar

• SYBR-Green
  Ist ein Doppelstrang-DNA-bindender Farbstoff, der genutzt wird, um die Menge PCR-Produkt in einer real-time PCR zu messen und über eine Schmelzkurvenanalyse Informationen über die Basenzusammensetzung des Amplikons zu erhalten.
• SSBP
  Single Strand Binding Proteine (SSBP) halten den Doppelstrang während der DNA-Replikation offen und können im PCR als Additiv zur Verbesserung der PCR-Effizienz genutzt werden.
• Sonden
  Sonden, englisch Probes, sind Oligonucleotide von ca.: 15 bis 35 nt Länge, die aufgrund ihrer Sequenz und Länge spezifisch eine DNA oder RNA-Zielsequenz binden können. Die Bindung an seine Zielsequenz ist mit einer Modifikation eines Fluoreszenzsignals verknüpft und kann zur Quantifizierung des PCR-Produktes, respektive PCR-Templates genutzt werden. Die Art der Modifikation hängt von dem Sondentyp ab. 
   
• Superprimer
  Besonders lange Primer mit >60 nt und bis zu 200 nt Länge, diese sollen zu deutlich kleineren Ct-Werten führen.
• SNP-Datenbank
  Siehe dbSNP.
• Scorpions
  Sind Primer-Sonden für die Detektion von PCR-Produkt in der real-time PCR. Der 3'-Teil besteht aus 18 bis 25 nt Sequenz, die einem klassischen Primer entspricht und Primer-Funktion hat, die letzten Nucleotide am 5'-Ende haben Sonden-Charakter und können sich umfalten und Hybridisieren an der Zielsequenz, wodurch ein Fluoreszenzsignal entsteht.
   
• Schritt
  Als Schritt oder Step werden bei manchen Cycler die einzelnen Denaturierungsschritte, Annealingschritte oder Extensionschritte bezeichnet.
• Step
  Als Schritt oder Step werden bei manchen Cycler die einzelnen Denaturierungsschritte, Annealingschritte oder Extensionschritte bezeichnet.
   
   
• Schmelztemperatur
  Die Temperatur bei der 50 % eines Amplikon, eines gebundenen Primers oder allgemein eines dsDNA-Moleküls als Einzelstrang und 50 % als Doppelstrang vorliegen.
   
• STR
  Steht für Short Tandem Repeat, kurze= short, hintereinander liegende, Sequenzwiederholungen=Repeats. Beispiel: csf1po.jpg (524×510) (nist.gov).
• Schmelzkurve
  Auftrag der Fluoreszenzwerte bei ansteigender Temperatur.
• SNP
  Single Nucleotide Polymorphismus: Mutation eines einzelnen Nucleotids, das jedoch keine klinische Relevanz hat. Z. B. G->A oder G>A,T,C-
• SSCP
  Single Strand Conformation Polymorphismus, eine Nucleotid-Variante in einer DNA-Sequenz (SNP) kann zu unterschiedlicher Form des DNA Fragmentes führen und im Laufverhalten nachgewiesen werden.
• Standard-Kurve
  Meist als Standard-Gerade, für absolute oder relative Quantifizierungsexperimente benutzt. Bsp:: An einer Standard-Geraden von cDNA können verschiedene Proben und Targets quantifiziert werden.  
• Serogruppe
  Serogruppe Zusammenfassung einer Gruppe von Bakterien, Pilzen oder auch Pollen, die durch den gleichen Antikörper im Labor-Experiment erkannt werden kann. Wegen der hohen Empfindlichkeit von Antikörper gegenüber ihrem Antigen können oftmals Antikörper aus dem Blutserum von PatientInnen benutzt werden, um einen Bakterienstamm oder eine ganze Gruppe zu charakterisieren. Bei Legionellen gilt die Serogruppe 1 des Legionelle pneumophila Stammes als besonders gefährlich.
   
• Sporenbildner
  Sporenbildner, engl.: spore-forming bacteria, können bei Trockenheit oder unter anderen ungünstigen Lebensbedingungen Dauerformen (Sporen) bilden. Ebenso wie die Gram-Färbungen oder die Ausbildung von Kapseln ein charakteristisches, systematisches Kriterium zu Bestimmung von Bakterien.
• strikt
  strikt aerob, [griech: ] engl.: strict aerobic, Sauerstoff genötigend, bezeichnet Zellen, die nicht ohne die Anwesenheit von Sauerstoff leben/wachsen können, alternative ist fakultativ anaerob sie können müssen aber nicht ohne Sauerstoff leben.