Wissensdatenbank - Glossar

• real-time PCR
  Ist eine PCR-Methode, bei den man die Amplifikation der Produktmenge mittels DNA-bindenden  Fluoreszenz-Farbstoffen über die Zeit, von Cyclus zu Cyclus, beobachten kann. Der Fluoreszenzanstieg (Anstieg der Produktmenge) kann genutzt werden, um die Template Menge zu bestimmen, qPCR, quantitative PCR. Der Verlust von Fluoreszenz während einer Hitzedenaturierung des PCR-Produktes führt zu einer Schmelzkurve, die Aussagen über die relative Basenzusammensetzung des Amplikons gibt und zur Typisierung genutzt werden kann. 
   
• Replikationsgabel
  Bezeichnet die gabelförmige Aufspaltung der dsDNA als Vorbereitung für die Replikation der DNA in der Zelle.
• Relative Quantifizierung
  Bezeichnet den Vergleich der PCR-Template-Kopienzahl einer Probe mit der Kopienzahl einer anderen Probe. Die Einheit ist eine Verhältniszahl, Kopienzahl-A/Kopienzahl-B. Standard-Anwendung bei Genexpressionsstudien unter zu Hilfenahme der qPCR.
   
• RefSeq
  Reference Sequence Database, kurz RefSeq, enthält zuverlässige (peer reviewed) DNA und Protein-Sequenzen
• Replikation
  Replikation (PCR). Kopieren eines DNA-Einzelstranges nach dem Vorbild der Replikation in der Zelle.
   
   
• Reverse-Primer
  Bezeichnet einen der beiden PCR-Primer, "Reverse" (Abk. Präfix "R" oder Suffix "r") bezieht sich auf die Position im Gen, heute aber allgemein als der zweite Primer oder der rechte Primer oder auch 3'-Primer bezeichnet. Siehe auch Reverse-Primer. Beispiel 517f: 5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA und 907r: 5' CCGTCAATTCCTTTGAGTTT die Ziffern beziehen sich auf die Position im 16S-rRN-Gen von E. coli. (Quelle: 16S/18S/ITS Amplicon Metagenomic Sequencing - Novogene) 
• Restriktionsspaltung
  Manchmal auch als Restriktions"verdau" bezeichnet sequenz-spezifischer Schnitt in dsDNA.
  Beispiel: EcoRI | NEB
   
• R2-Wert
  R-Quadrat-Wert beschreibt die Abweichung der Daten von der berechneten Geradengleichung. 
• RFLP
  Restriktions-Fragment-Längen-Polymorphismus ein dialleler DNA-Polymorphismus der aufgrund einer veränderten Nucleotid-Position in der Erkennungsequenz eines Restriktionsenzyms zu einem Schnitt (Allel 1) oder zu keinem Schnitt (Allel 2) führen kann. Dadurch ergeben sich auf einer Gelelektrophorese unterschiedliche Fragment-Längen.
• RT-qPCR
  Steht für Reverse Transciption (RT) und quantitative PCR (qPCR) und bezeichnet die Quantifizierung der cDNA/mRNA Template-Menge in Expressionsstudien. RT steht nicht für real-time PCR.
• random
  Random-Priming bezeichnet den Start der reversen Transcription mit Primern, die in ihrer Sequenz zufällig (random) zusammengestellt sind