Wissensdatenbank - Glossar

• Relative Quantifizierung
  Bezeichnet den Vergleich der PCR-Template-Kopienzahl einer Probe mit der Kopienzahl einer anderen Probe. Die Einheit ist eine Verhältniszahl, Kopienzahl-A/Kopienzahl-B. Standard-Anwendung bei Genexpressionsstudien unter zu Hilfenahme der qPCR.
   
• Threshold
  Threshold (englisch), Schwelle (deutsch) ist eine Hilfslinie, die in einem Fluoreszenz versus Cyclus Graph gezogen wird, um einen Ct-, Cot- oder Cq-Wert zu ermitteln. Durch die Hilfslinie können verschiedene Proben über den gleichen Fluoreszenz-Wert verglichen werden, sodass die unterschiedlichen Template-Menge durch die unterschiedlichen Ct-Werte ausgedrückt werden können.
   
• Baseline
  Grundlinie ist eine Art Startlinie, die durch Normalisierung der Hintergrund-Fluoreszenz aller analysierten Proben entsteht. 
• Sonden
  Sonden, englisch Probes, sind Oligonucleotide von ca.: 15 bis 35 nt Länge, die aufgrund ihrer Sequenz und Länge spezifisch eine DNA oder RNA-Zielsequenz binden können. Die Bindung an seine Zielsequenz ist mit einer Modifikation eines Fluoreszenzsignals verknüpft und kann zur Quantifizierung des PCR-Produktes, respektive PCR-Templates genutzt werden. Die Art der Modifikation hängt von dem Sondentyp ab. 
   
• Probes
  Probes englisch zu deutsch Sonden, sind Oligonucleotide von ca.: 15 bis 35 nt Länge, die aufgrund ihrer Sequenz und Länge spezifisch eine DNA oder RNA-Zielsequenz binden können. Die Bindung an seine Zielsequenz ist mit einer Modifikation eines Fluoreszenzsignals verknüpft und kann zur Quantifizierung des PCR-Produktes, respektive PCR-Templates genutzt werden. Die Art der Modifikation hängt von dem Sondentyp ab. 
   
• Akzeptor-Sonde
  Im FRET-Sondensystem ist damit die zweite Sonde gemeint, die das Emissionslicht des 3'-Fluorophores der 1. Sonde (Donor) aufnimmt und sein eigenes Licht emittiert. 
   
• Donor-Sonde
  Im FRET-Sondensystem ist damit die erste Sonde gemeint, dessen 3'-Fluorophor das Anregungslicht des real-time Cyclers aufnimmt und sein Emissionslicht auf das 5'-Fluorophor der Akzeptor-Sonde überträgt.
   
   
• Kalibrator
  Unter Kalibrator versteht man in Gen-Expressionsstudien diejenige unbehandelte Probe, auf die sich die behandelten Proben beziehen.
   
• Superprimer
  Besonders lange Primer mit >60 nt und bis zu 200 nt Länge, diese sollen zu deutlich kleineren Ct-Werten führen.
• 5'-flaps-Primer
  Auch als "tailed" oder "überhängende" Primer bezeichnete PCR-Primer, die ein unspezifische Verlängerung am 5'-Ende tragen. Dadurch soll die real-time PCR effizienter verlaufen als nicht verlängert Oligonucleotide. 
• Dye
  Farbstoff (englisch), in der real-time PCR sind die Fluoreszenzfarbstoffe der Sonden oder der dsDNA-bindenden Farbstoffe gemeint.
• Endogene Referenz
  In relativen Genexpressionsstudien werden endogene, in der Probe selbst enthaltene Zielsequenzen für die Normalisierung der RNA/cDNA-Kopienzahl genutzt. Es müssen also nicht Gene, sogenannte house keeping gene (HKG) sein, Alu-Elemente zum Beispiel tun es auch. Die Zielsequenzen müssen konstant und stabil sind bzgl. deren Expression in allen Zelltypen und Entwicklungszuständen unabhängig von der Behandlung der Proben.
• High Resolution Melt
  High Resolution Melt (HRM) oder hochauflösende Schmelzkurven-Analyse bezeichnet eine real-time PCR-Analyse Methode, bei der das Amplikon in sehr kleinen Temperatur-Schritten (< 0,2 °C) aufgeschmolzen wird und die Fluoreszenz-Abnahme des freigesetzten Fluorophores (meist Eva-Green(TM) oder ähnliche Farbstoffe) mit hoher Genauigkeit auf aufgezeichnet werden kann. Die Rohdaten des Fluoreszenz-Temperatur-Graphen werden mit spezieller Software (der eigentliche Clou an der Analyse) so ausgewertet, dass Schwankungen der Anfangsfluoreszenz und Endfluoreszenz der Vergleichsproben normalisert werden, dadurch können bis auf  SNP-Niveau Unterschiede zwischen Amplikonen detektiert werden. 
   
• HRM
  High Resolution Melt, hochauflösende Schmelzkurve
• Houe Keeping Genes
  House Keeping Genes, HKG, bezeichnen Gene, deren Expression in allen Zelltypen und Entwicklungszuständen unabhängig von der Behandlung der Proben konstant sind. HKG werden oft zur Normalisierung des RNA/cDNA-Gehalts von Proben in relativen Genexpressionsstudien mittels qPCR genutzt. 
• HKG
  House Keeping Genes
• MGB
  Minor groove binders (MGBs): sind dsDNA-bindende Moleküle, die am 3'-Ende einer Taqman Sonde für eine deutlich stabilere Sonden-Hybridisierung sorgen. Dadurch können kürzere Oligonucleotide (<18 nt) bei höherer Temperatur (>60 °C) mit höherer Spezifität und Sensitivität als Sonden genutzt werde.
• Log-View
  In einem Log-View wird in einem Amplifikations-Graph der Fluoreszenz-Wert (auf der Y-Achse, Amplifikation des PCR-Produktes) gegen die PCR-Cyclen (auf der X-Achse) in logarithmischer Skala aufgetragen. Dadurch kann die exponentielle Phase als Gerade besser sichtbar gemacht werden, um einen Threshold besser manuell zu setzen.
   
• Linear-View
  In einem Linear -View wird in einem Amplifikations-Graph der Fluoreszenz-Wert (auf der Y-Achse, Amplifikation des PCR-Produktes) gegen die PCR-Cyclen (auf der X-Achse) in linearer Skala aufgetragen.
• Dark Quencher
  Dark Quencher, dunkle Quencher, die kein Fluoreszenzlicht abgeben. auch bezeichnet als Non-Fluoreszenz Quencher (NFQ) oder Black hole Quencher (BHQ), wenn man den größeren, breitere Wellenlängenbereich bezeichnen möchte.
• DQ
  Dark Quencher
• Black hole quencher
  Black hole Quencher (BHQ), sind dark quencher, wenn man den größeren, breitere Wellenlängenbereich bezeichnen möchte werden sie als BHQ benannt.
• BHQ
  Black Hole Quencher
• NFQ
  Non-Fluoreszenz Quencher
• BLAST
  BLAST, Abkürzung für englisch Basic Local Alignment Search Tooll, bezeichnet einen Algorithmus mit dem man eine Sequenz mit den Sequenzen einer Sequenz-Datenbank vergleichen kann. Der Vergleich wird in Form eines Alignments gezeigt. 
   
• Alignment
  Ausrichtung von zum Beispiel zwei oder mehreren (Multiple-Alignment) Sequenzen (DNA oder Aminosäure), um in einem Sequenzvergleich die Ähnlichkeit der Sequenzen aufzuzeigen.
   
• dbSNP
  dbSNP, steht für "Datenbank für SNPs" des Menschen und beinhaltet häufige und auch seltene SNPs (Single Nucleotide Polymorphismens) und SNVs Single Base Nucleotid Varianten, kleiner als 50 bp Deletionen und Insertions Polymorphismen und andere Varianten. 
• Primer-BLAST
  Freies Online-Tool für Primer-Design und die Primer-Überprüfung auf Spezifität von NCBI, das Primer3 und BLAST nutzt.
• SNP-Datenbank
  Siehe dbSNP.
• Oligoanalyzer
  Kostenloses Online Tool (Registrierung notwendig) für die Analyse von Oligonucleotiden wie zum Beispiel Primern.